大部分幽门螺杆菌感染均为隐感染性，无细菌感染的全身症状，常无急性胃炎症状，临床患者倾向于慢性胃炎、消化性胃炎溃疡等表现，从检测结果可以看出，吞噬活菌感染引起急性胃炎，未治疗或未有效治疗，对于慢性胃炎的发展，急感染性的潜伏期为2-7天，胃镜检查可显示急性胃窦充血和糜烂的症状。组织学检查显示粘膜层充血、水肿和中性粒细胞浸润。
感染幽门螺杆菌患者的症状可表现为腹痛、腹胀、晨起恶心、胃酸、打嗝、饥饿，严重者呕吐。幽门螺杆菌感染是慢性胃炎的主要原因。慢性胃炎幽门螺杆菌感染检出率为54%~100%，不仅会引起胃炎，还会引起胃底炎症。
幽门螺杆菌感染还导致高胃泌素血症，这是一种主要由G细胞分泌的重要胃肠激素。G细胞是典型的通达细胞，大多数位于胃窦，其次是胃底、十二指肠和空肠。人胰岛细胞也能分泌胃泌素。高胃泌素血症，又分为高胃酸高胃泌碱血症和低胃酸或无酸高胃酸血症两类。胃泌素瘤患者血清胃泌素水平很高，胃粘膜常伴有增生和肥大。
消化性溃疡也是幽门螺杆菌感染的常见症状。胃溃疡和十二指肠溃疡通常被称为消化性溃疡。用于消化食物的胃酸（盐酸）和胃蛋白酶（一种酶）会消化胃壁和十二指肠，从而破坏粘膜组织，这是消化系统疾病的主要溃疡原因。
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